A shiatsu gyökerei az ókori Kínában lelhetőek fel. Egy 1973-ban a mawangdui sírban talált régészeti lelet szerint az i.e. II. században már ismertek voltan azok az ún. Taoyin, japánul: Do-in, gyakorlatok, amelyeket a shiatsu egyik alkotórészeként értelmezünk.

Ezek a későbbiekben az ősi japán anma masszázsba is beépültek, így létrejött a mai shiatsu őse a X. században. A Taoyin (jelentése kb.: testünk vezetése, irányítása nyújtásokon, feszítéseken keresztül) ma is használatos nem csak a shiatsu kezelésben, de önállóan öngyógyító tornagyakorlatokként is.

Az anma masszázs eredetileg gyúró, nyomó, vibrációs technikákat tartalmazott. A Taoyin és a shiatsu fejlődésére döntő hatást gyakorolt Bodhidharma, a legendás buddhista szerzetes munkássága. Bodhidharma a VI. században, Kínában megalapította a Chan (japánul: Zen) buddhizmust, a későbbiekben Shaolin Kolostorként híressé vált templomban.

Kilenc éves visszavonultság után írta meg két könyvét, melyek egyrészt a szerzetesek meditációs gyakorlatait támogatták, másrészt az egészség megőrzéséhez különféle testgyakorlatokat tartalmaztak. Ezekből alakultak ki az ún. lágy, gyógyító Qi Gong ill. a kemény Qi gong gyakorlatok, amelyek ma is a harcművészetek alapjait képezik.

Az évszázadok folyamán állandóan változó anma masszázs virágkora a XVII-XIX. századra tehető, amikor a gyógyítóknak kötelező jelleggel kellett alkalmazni ezt a technikát, attól függetlenül, hogy a diagnózis alapján akupunktúrával, gyógyfüvekkel vagy moxázással egészítették ki a gyógykezelést.

A nyugati gondolkodásmód térhódítása következtében az anma masszázs fokozatosan visszaszorult. Lazító masszázsra degradálódott, majd a XX. századra teljesen visszaszorult.

A XX. század közepén a hagyományos gyógyítást ismerő orvosok kiutat kerestek ebből a helyzetből. Az 50-es évek közepére új nevet kapott a tradicionális gyógyító eljárás, "shiatsu"-nak nevezték el és Japánban ismét elismerték szabályszerű gyógyító eljárásként.

Tokujiro Namikoshi nevéhez fűződik az első japán shiatsu intézet, majd shiatsu Iskola megalapítása. Namikoshi arra törekedett, hogy a shiatsu technikát a korszerű nyugati orvoslás felismeréseivel ötvözze. Így a meridián pontokat reflexpontokként is leírta, melyek a központi illetve az autonóm idegrendszerrel állnak kapcsolatban. Ezek stimulálásával kívánta elérni a gyógyítást.

Namikoshi nyomán alakult ki az egyik shiatsu iskola, amely felfogásában inkább nyugati irányultságú. Japánban ez vált elterjedtté.

A másik shiatsu iskolát, az ún. Zen-shiatsut, Shizuto Masunaga, Namikoshi egykori tanítványa alapította.
Masunaga pszichológiai tanulmányokat végzett. Beépítette ugyan gyógymódjába a nyugati orvoslás fiziológiáját is, de a távol-keleti orvoslás hagyományait is megőrizte. Nézete szerint a teljes meridián vonalak kezelése azért elengedhetetlen, mert így tudjuk csak befolyásolni az ember testi-lelki-szellemi állapotát, és így válik teljessé a gyógyulás.

Masunaga közvetlen munkatársától, Wataru Ohashitól ered maga a Zen-shiatsu elnevezés. Ohashi az új elnevezést azért alkotta meg, mert arra gondolt, hogy a keleties hangzású Zen szó vonzóbbá teheti a Nyugat számára ezt a régi-új gyógyító eljárást.

Ohashinak köszönhetjük, hogy a shiatsu Európában elterjedt.

A 60-as években az ő munkássága, előadásai nyomán alakultak meg sorra az európai iskolák.

Amerikában és Európában ma is a Zen shiatsu használatos, amelyben a shiatsu kezelő és kezelt nyílt, egyenrangú partnerek. Ebben a kölcsönösséget feltételező kapcsolatban a terapeuta megpróbálja érzékelni az őt felkereső ember energiáit, és támogatást nyújtani abban, hogy az öngyógyító folyamatok elinduljanak.